Для реализации в Битриксе свойства выбора (чекбокс) используется тип свойства список. Например, «Показать блок на странице — да (чекбокс).
Для начала стоит понимать, что в инфоблоке есть разделения на поля и свойства. Например, активность элемента — это поле, и обновляют его методом:

 CIBlockElement::Update

А созданное вручную, является свойством.

Рассмотрим на примере: В инфоблоке создано свойство PICKUP типа список, в настройках свойства указано одно значение списка Y.
ID = 61
XML_ID = Y
Значение = Y

Рассмотрим метод обновления:

CIBlockElement::SetPropertyValuesEx($arData['ITEM_ID'], false, ['PICKUP'=>$arData['ENUM']]);

Обновление значения в php организует всего один вызов метода

В $arData[‘ITEM_ID’]  — указываем ID элемента, в котором находится нужное свойство

Во втором параметре можно указать ID инфоблока, в данном случае поиск происходит только по элементу

В третьем параметре указываем код свойства PICKUP и задаем ему ID значение списка  61